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青森県五所川原市の津軽五所川原駅から青森県北津軽郡中泊町の津軽中里駅までを結ぶ。

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弘南（こうなん）線は、青森県弘前市の弘前駅から同県黒石市の黒石駅までを結ぶ。
「田んぼ鉄道」の愛称が付けられている。

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大鰐（おおわに）線は、青森県南津軽郡大鰐町の大鰐駅から同県弘前市の中央弘前駅までを結ぶ。

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十和田観光電鉄（とわだかんこうでんてつ）線は、青森県三沢市の三沢駅から十和田市の十和田市駅までを結んでいた。
2012年（平成24年）4月1日付けで廃線となった。

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いわて銀河鉄道線（英語: Iwate Galaxy Railway Line）は、岩手県盛岡市の盛岡駅から青森県三戸郡三戸町の目時駅までを結ぶ。
元はJR東日本の東北本線の一部で、2002年（平成14年）12月1日の東北新幹線盛岡駅～八戸駅間開業の際に経営分離された岩手県内の区間。
なお、青森県内は青い森鉄道が継承した。

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青い森（あおいもり）鉄道は、青森県三戸郡三戸町の目時駅から青森市の青森駅までを結ぶ。
元はJR東日本の東北本線の一部で、2002年（平成14年）12月1日の東北新幹線盛岡駅～八戸駅間開業の際に経営分離された青森県内の区間。
さらに2010年（平成22年）12月4日の東北新幹線八戸駅～新青森駅間延伸の際には、八戸駅～青森駅間も経営分離された。
なお、岩手県内はIGRいわて銀河鉄道が継承した。

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岩手県大船渡市の盛駅と同県久慈市の久慈駅を結ぶ。
釜石駅～宮古駅間はJR東日本の山田線の一部だったが、2011年（平成23年）3月11日に発生した東日本大震災の復旧工事に伴い三陸鉄道に移管され、盛駅～釜石駅間（南リアス線）、宮古駅～久慈駅間（北リアス線）とあわせて全線呼称が「リアス線」に統一された。

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秋田県北秋田市の鷹巣駅から仙北市の角館駅を結ぶ。
「スマイルレール秋田内陸線」の愛称が付けられている。
前身は国鉄角館線、阿仁合線及び両線を結ぶ鷹角線で、秋田県及び沿線自治体等が出資する第三セクター。

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鳥海山ろく（ちょうかいさんろく）線は、秋田県由利本荘市の羽後本荘駅から同市の矢島駅を結ぶ。
前身は国鉄矢島線。

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山形県南陽市の赤湯駅から西置賜郡白鷹町の荒砥駅を結ぶ。
前身はJR東日本の長井線。

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宮城県登米市の石越駅と同県栗原市の細倉マインパーク前駅までを結んでいた。
2007年に廃止。

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福島県福島市の福島駅から宮城県柴田郡柴田町の槻木駅を結ぶ。
前身は国鉄丸森線。

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宮城県仙台市泉区の泉中央駅から同市太白区の富沢駅を結ぶ、仙台市交通局の地下鉄路線。

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宮城県仙台市太白区の八木山動物公園駅から同市若林区の荒井駅を結ぶ、仙台市交通局の地下鉄路線。

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飯坂（いいざか）線は、福島県福島市の福島駅から飯坂温泉駅を結ぶ。
「飯坂電車」「いい電」の愛称がある。

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会津（あいづ）線は、福島県会津若松市の西若松駅と同県南会津郡南会津町の会津高原尾瀬口駅を結ぶ。
前身はJR東日本の会津線。国鉄分割民営化の1987年に第三セクター化された。

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宮城県名取市の名取駅から同市の仙台空港駅までを結ぶ。
愛称「仙台空港アクセス線」と呼ばれる。

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新潟県南魚沼市の六日町駅から同県上越市の犀潟駅までを結ぶ。

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長野県北佐久郡軽井沢町の軽井沢駅から長野県長野市の篠ノ井駅までを結ぶ。
元はJR東日本 信越本線の一部。

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長野県長野市の長野駅と新潟県妙高市の妙高高原駅を結ぶ。
元はJR東日本 信越本線の一部。

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新潟県妙高市の妙高高原駅と、同県上越市の直江津駅を結ぶ。
元はJR東日本 信越本線の一部。

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新潟県糸魚川市の市振駅から同県上越市の直江津駅までを結ぶ。
元はJR西日本 北陸本線の一部。

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別所（べっしょ）線は、長野県上田市の上田駅から別所温泉駅までを結ぶ。

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長野線は、長野県長野市の長野駅から、同県須坂市の須坂駅と同県中野市の信州中野駅を経由して、同県下高井郡山ノ内町の湯田中駅までを結ぶ。

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屋代線（やしろせん）は、長野県千曲市の屋代駅から長野県須坂市の須坂駅までを結んでいた。
2012年（平成24年）をもって全線廃止。

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上高地（かみこうち）線は、長野県松本市の松本駅から同市の新島々駅までを結ぶ。
2011年（平成23年）4月1日にアルピコ交通株式会社が発足し「アルピコ交通上高地線」となった。