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高山本線（たかやまほんせん）は、岐阜県岐阜市の岐阜駅から高山市の高山駅、富山県富山市の猪谷駅を経て同市の富山駅を結ぶ。

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北陸本線（ほくりくほんせん）は、福井県敦賀市の敦賀駅から滋賀県米原市の米原駅までを結ぶ。
（元々は新潟県上越市の直江津駅から米原駅までを結んでいた。2024年3月15日をもって、JR北陸本線の敦賀～大聖寺間は「ハピラインふくい」へ、大聖寺～金沢間は「IRいしかわ鉄道」へ移管された。）

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城端線（じょうはなせん）は、富山県高岡市の高岡駅から富山県南砺市の城端駅を結ぶ。

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氷見線（ひみせん）は、富山県高岡市の高岡駅から富山県氷見市の氷見駅を結ぶ。

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七尾線（ななおせん）は、石川県河北郡津幡町の津幡駅から、石川県七尾市の和倉温泉駅を結ぶ。

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JR北陸本線の貨物支線（敦賀～敦賀港間）であった敦賀港（つるがみなと）線は、2009年（平成21年）4月1日に休止、2019年（平成31年）4月1日に廃止された。

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越美北線（えつみほくせん）は、福井県福井市の越前花堂駅から同県大野市の九頭竜湖駅を結ぶ。
福井駅から越前花堂駅までは、ハピラインふくい線であるが、福井駅まで直通列車が乗り入れている。

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小浜線（おばません）は、福井県敦賀市の敦賀駅から京都府舞鶴市の東舞鶴駅を結ぶ。

関西本線（かんさいほんせん）は、愛知県名古屋市中村区の名古屋駅から亀山駅、奈良駅を経由して大阪府大阪市浪速区のJR難波駅を結ぶ。
名古屋駅～亀山駅間がJR東海、亀山駅～JR難波駅間がJR西日本の管轄となっている。
名古屋駅から亀山駅までの部分は、JR東海の項に収載。

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関西本線（かんさいほんせん）は、愛知県名古屋市中村区の名古屋駅から亀山駅、奈良駅を経由して大阪府大阪市浪速区のJR難波駅を結ぶ。
名古屋駅～亀山駅間がJR東海、亀山駅～JR難波駅間がJR西日本の管轄となっている。
本図はそのうち亀山駅から加茂駅までの部分。
 

紀勢本線（きせいほんせん）は、三重県亀山市の亀山駅から和歌山県新宮市の新宮駅を経て同県和歌山市の和歌山市駅を結ぶ。
亀山駅～新宮駅間はJR東海、新宮駅～和歌山市駅間はJR西日本の管轄。
亀山駅から新宮駅までの部分は、JR東海の項に収載。
 

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草津線（くさつせん）は、三重県伊賀市の柘植駅から滋賀県草津市の草津駅を結ぶ。

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東海道本線（とうかいどうほんせん）は、東京都千代田区の東京駅から兵庫県神戸市中央区の神戸駅までを結ぶ。（一部大垣～美濃赤坂支線含む）
東京駅から熱海駅まではJR東日本、熱海駅から米原駅まではJR東海、米原駅から神戸駅まではJR西日本の管轄となっている。
 
琵琶湖線（びわこせん）は、JR西日本が管轄する東海道本線のうち、滋賀県米原市の米原駅から京都府京都市下京区の京都駅までの区間、および北陸本線のうち米原駅から滋賀県長浜市の長浜駅までの区間に付けられた愛称である。
 
本図は、JR西日本とJR東海の境界である米原駅から、京都駅までの部分。

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東海道本線（とうかいどうほんせん）は、東京都千代田区の東京駅から兵庫県神戸市中央区の神戸駅までを結ぶ。（一部大垣～美濃赤坂支線含む）
東京駅から熱海駅まではJR東日本、熱海駅から米原駅まではJR東海、米原駅から神戸駅まではJR西日本の管轄となっている。
 
本図は、京都駅から大阪駅までの部分。

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東海道本線（とうかいどうほんせん）は、東京都千代田区の東京駅から兵庫県神戸市中央区の神戸駅までを結ぶ。（一部大垣～美濃赤坂支線含む）
東京駅から熱海駅まではJR東日本、熱海駅から米原駅まではJR東海、米原駅から神戸駅まではJR西日本の管轄となっている。
 
JR神戸（こうべ）線は、JR西日本が管轄する東海道本線のうち、大阪府大阪市北区の大阪駅から兵庫県神戸市中央区の神戸駅までの区間、および山陽本線のうち、神戸駅から兵庫県姫路市の姫路駅までの区間に付けられた愛称である。
 
本図は、大阪駅から神戸駅までの部分。

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湖西線（こせいせん）は、滋賀県長浜市の近江塩津駅から琵琶湖の西岸を経由して京都府京都市山科区の山科駅を結ぶ。

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関西本線（かんさいほんせん）は、愛知県名古屋市中村区の名古屋駅から亀山駅、奈良駅を経由して大阪府大阪市浪速区のJR難波駅を結ぶ。
名古屋駅～亀山駅間がJR東海、亀山駅～JR難波駅間がJR西日本の管轄となっている。
 
本図は、愛称「大和路線」（加茂駅～JR難波駅間）の部分。

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山陽本線（さんようほんせん）は、兵庫県神戸市中央区の神戸駅から福岡県北九州市門司区の門司駅までを結ぶ。
（和田岬線と呼ばれる兵庫駅～和田岬駅間の支線を含む）
 
JR神戸（こうべ）線は、JR西日本が管轄する東海道本線のうち、大阪府大阪市北区の大阪駅から兵庫県神戸市中央区の神戸駅までの区間、および山陽本線のうち、神戸駅から兵庫県姫路市の姫路駅までの区間に付けられた愛称である。
 
本図は、神戸駅から姫路駅までの部分。

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山陽本線（さんようほんせん）は、兵庫県神戸市中央区の神戸駅から福岡県北九州市門司区の門司駅までを結ぶ。
（和田岬線と呼ばれる兵庫駅～和田岬駅間の支線を含む）
 
本図は、姫路駅から岡山駅までの部分。

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山陽本線（さんようほんせん）は、兵庫県神戸市中央区の神戸駅から福岡県北九州市門司区の門司駅までを結ぶ。
（和田岬線と呼ばれる兵庫駅～和田岬駅間の支線を含む）
 
本図は、岡山駅から三原駅までの部分。

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山陽本線（さんようほんせん）は、兵庫県神戸市中央区の神戸駅から福岡県北九州市門司区の門司駅までを結ぶ。
（和田岬線と呼ばれる兵庫駅～和田岬駅間の支線を含む）
 
本図は、三原駅から岩国駅までの部分。

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山陽本線（さんようほんせん）は、兵庫県神戸市中央区の神戸駅から福岡県北九州市門司区の門司駅までを結ぶ。
（和田岬線と呼ばれる兵庫駅～和田岬駅間の支線を含む）
 
本図は、岩国駅から門司駅までの部分。

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山陽本線（さんようほんせん）は、兵庫県神戸市中央区の神戸駅から福岡県北九州市門司区の門司駅までを結ぶ。
（和田岬線と呼ばれる兵庫駅～和田岬駅間の支線を含む）
 
本図は、兵庫駅から和田岬駅までの支線部分。

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山陰本線（さんいんほんせん）は、京都府京都市下京区の京都駅から山陰地方を経由し、山口県下関市の幡生駅を結ぶ。
（山陰本線には仙崎支線と呼ばれる長門市駅～仙崎駅間の支線が含まれるが、その区間は便宜的にJR美祢線に収載）
 
嵯峨野線（さがのせん）は、JR西日本の山陰本線のうち、京都府京都市下京区の京都駅から同府南丹市の園部駅までの区間に付けられた愛称である。
 
本図は、京都駅から園部駅までの部分。

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山陰本線（さんいんほんせん）は、京都府京都市下京区の京都駅から山陰地方を経由し、山口県下関市の幡生駅を結ぶ。
（山陰本線には仙崎支線と呼ばれる長門市駅～仙崎駅間の支線が含まれるが、その区間は便宜的にJR美祢線に収載）
 
本図は、京都府南丹市の園部駅から、兵庫県豊岡市の豊岡駅までの部分。

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山陰本線（さんいんほんせん）は、京都府京都市下京区の京都駅から山陰地方を経由し、山口県下関市の幡生駅を結ぶ。
（山陰本線には仙崎支線と呼ばれる長門市駅～仙崎駅間の支線が含まれるが、その区間は便宜的にJR美祢線に収載）
 
本図は、兵庫県豊岡市の豊岡駅から鳥取県米子市の米子駅までの部分。

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片町線（かたまちせん）は、京都府木津川市の木津駅から大阪府大阪市都島区の京橋駅を結ぶ。
学研都市線という愛称が付けられている。
 

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奈良線（ならせん）は、京都府木津川市の木津駅から京都府京都市下京区の京都駅を結ぶ。
木津駅から奈良駅までの区間はJR関西本線（大和路線）の一部であるが、木津駅から奈良駅まで含めて奈良線として運転されている。

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舞鶴線（まいづるせん）は、京都府綾部市の綾部駅から京都府舞鶴市の東舞鶴駅を結ぶ。

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大阪環状線（おおさかかんじょうせん）は、大阪府大阪市内の天王寺駅～京橋駅～大阪駅～西九条駅～新今宮駅～天王寺駅を環状に結ぶ。

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桜島線（さくらじません）は、大阪府大阪市此花区の西九条駅から桜島駅までを結ぶ。
JRゆめ咲（ジェイアールゆめさき）線という愛称が付けられている。

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JR東西線（ジェイアールとうざいせん）は、大阪府大阪市城東区の京橋駅から兵庫県尼崎市の尼崎駅を結ぶ。

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阪和線（はんわせん）は、大阪府大阪市天王寺区の天王寺駅から和歌山県和歌山市の和歌山駅までを結ぶ。
ほかに「羽衣線」と呼ばれる大阪府堺市西区の鳳駅から大阪府高石市の東羽衣駅までを結ぶ支線がある。
 
本図は天王寺駅から和歌山駅までの幹線部分。

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阪和線（はんわせん）は、大阪府大阪市天王寺区の天王寺駅から和歌山県和歌山市の和歌山駅までを結ぶ。
ほかに「羽衣線」と呼ばれる大阪府堺市西区の鳳駅から大阪府高石市の東羽衣駅までを結ぶ支線がある。
 
本図は鳳駅から東羽衣までの支線部分。

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関西空港線（かんさいくうこうせん）は、大阪府泉佐野市の日根野駅から同府泉南郡田尻町の関西空港駅を結ぶ。

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福知山線（ふくちやません）は、兵庫県尼崎市の尼崎駅から京都府福知山市の福知山駅を結ぶ。
東海道本線の大阪駅～尼崎駅間を含む大阪駅～篠山口駅間は、JR宝塚線（ジェイアールたからづかせん）の愛称が付けられている。
 
本図は新大阪駅から篠山口駅までの部分。

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福知山線（ふくちやません）は、兵庫県尼崎市の尼崎駅から京都府福知山市の福知山駅を結ぶ。
 
本図は篠山口駅から福知山駅までの部分。

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赤穂線（あこうせん）は、兵庫県相生市の相生駅と岡山県岡山市中区の東岡山駅の間を瀬戸内海沿いに結ぶ。

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加古川線（かこがわせん）は、兵庫県加古川市の加古川駅から丹波市の谷川駅を結ぶ。

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姫新線（きしんせん）は、兵庫県姫路市の姫路駅から津山駅を経て、岡山県新見市の新見駅を結ぶ。
 
本図は姫路駅から兵庫県佐用郡佐用町の佐用駅までの部分。

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姫新線（きしんせん）は、兵庫県姫路市の姫路駅から津山駅を経て、岡山県新見市の新見駅を結ぶ。
 
本図は兵庫県佐用郡佐用町の佐用駅から新見駅までの部分。

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播但線（ばんたんせん）は、兵庫県姫路市の姫路駅から兵庫県朝来市の和田山駅を結ぶ。

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和歌山線（わかやません）は、奈良県北葛城郡王寺町の王寺駅から和歌山県和歌山市の和歌山駅を結ぶ。

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桜井線（さくらいせん）は、奈良県奈良市の奈良駅から奈良県大和高田市の高田駅までを結ぶ。
万葉まほろば線（まんようまほろばせん）という愛称が付けられている。

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紀勢本線（きせいほんせん）は、三重県亀山市の亀山駅から和歌山県新宮市の新宮駅を経て同県和歌山市の和歌山市駅を結ぶ。
亀山駅～新宮駅間はJR東海、新宮駅～和歌山市駅間はJR西日本の管轄。
 
新宮駅～和歌山駅間には「きのくに線」という愛称が付けられている。
本図はその新宮駅から和歌山駅までの部分。

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紀勢本線（きせいほんせん）は、三重県亀山市の亀山駅から和歌山県新宮市の新宮駅を経て同県和歌山市の和歌山市駅を結ぶ。
亀山駅～新宮駅間はJR東海、新宮駅～和歌山市駅間はJR西日本の管轄。
 
本図は和歌山駅から和歌山市駅までの部分。

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おおさか東線（おおさかひがしせん）は、大阪府大阪市淀川区の新大阪駅と八尾市の久宝寺駅を結ぶ。
2008年（平成20年）3月15日に放出駅～久宝寺駅の南区間が「おおさか東線」として部分開業。
2019年（平成31年）3月16日に新大阪駅～放出駅の北区間が開業。

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山陰本線（さんいんほんせん）は、京都府京都市下京区の京都駅から山陰地方を経由し、山口県下関市の幡生駅を結ぶ。
（山陰本線には仙崎線と呼ばれる長門市駅～仙崎駅間の支線が含まれるが、その区間は便宜的にJR美祢線に収載）
 
本図は、鳥取県米子市の米子駅から、島根県益田市の益田駅までの部分。

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山陰本線（さんいんほんせん）は、京都府京都市下京区の京都駅から山陰地方を経由し、山口県下関市の幡生駅を結ぶ。
（山陰本線には仙崎支線と呼ばれる長門市駅～仙崎駅間の支線が含まれるが、その区間は便宜的にJR美祢線に収載）
 
本図は、島根県益田市の益田駅から山口県下関市の下関駅までの部分。

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伯備線（はくびせん）は、岡山県倉敷市の倉敷駅から新見駅を経て、鳥取県米子市の伯耆大山駅を結ぶ。
伯耆大山駅から米子駅まではJR山陰本線の一部。直通列車が乗り入れる。

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因美線（いんびせん）は、鳥取県鳥取市の鳥取駅から岡山県津山市の東津山駅を結ぶ。

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境線（さかいせん）は、鳥取県米子市の米子駅から境港市の境港駅を結ぶ。

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木次線（きすきせん）は、島根県松江市の宍道駅から広島県庄原市の備後落合駅を結ぶ。

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JR三江線（さんこうせん）は、島根県江津市の江津駅から広島県三次市の三次駅までを結んでいた。
2018年4月1日付で全線廃止された。

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山口線（やまぐちせん）は、山口県山口市の新山口駅から島根県益田市の益田駅を結ぶ。

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宇野線（うのせん）は、岡山県岡山市北区の岡山駅から岡山県玉野市の宇野駅を結ぶ。
宇野みなと線（うのみなとせん）という愛称をもつ。

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吉備線（きびせん）は、岡山県岡山市北区の岡山駅から岡山県総社市の総社駅を結ぶ。
愛称は桃太郎線（ももたろうせん）。

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芸備線（げいびせん）は、岡山県新見市の備中神代駅から広島県広島市の広島駅を結ぶ。

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津山線（つやません）は、岡山県岡山市北区の岡山駅から津山市の津山駅を結ぶ。

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呉線（くれせん）は、広島県三原市の三原駅から広島県安芸郡海田町の海田市駅を結ぶ。

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可部線（かべせん）は、広島県広島市西区の横川駅から同市安佐北区のあき亀山駅を結ぶ。
横川駅から広島駅まではJR山陽本線の一部。直通列車が乗り入れる。

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福塩線（ふくえんせん）は、広島県福山市の福山駅から広島県三次市の塩町駅を結ぶ。

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宇部線（うべせん）は、山口県山口市の新山口駅から山口県宇部市の宇部駅を結ぶ。

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美祢線（みねせん）は、山口県山陽小野田市の厚狭駅から山口県長門市の長門市駅を結ぶ。

仙崎支線と呼ばれる長門市駅～仙崎駅間は山陰本線の支線であるが、その区間を直通するJR美祢線の列車が多くあるため、本項に収載した。

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小野田線（おのだせん）は、山口県宇部市の居能駅から山口県山陽小野田市の小野田駅までと雀田駅から分岐して長門本山駅を結ぶ。

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岩徳線（がんとくせん）は、山口県岩国市の岩国駅から周防高森駅を経て同県周南市の櫛ケ浜駅を結ぶ。
櫛ケ浜駅から徳山駅まではJR山陽本線の一部。直通列車が乗り入れる。

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本四備讃線（ほんしびさんせん）は、岡山県倉敷市の茶屋町駅から瀬戸大橋を渡り、香川県綾歌郡宇多津町の宇多津駅を結ぶ。

瀬戸大橋線（せとおおはしせん）は、JR西日本とJR四国が運営する鉄道路線で、岡山県岡山市北区の岡山駅から瀬戸大橋を通り香川県高松市の高松駅に至る区間の愛称。